「どうして怒られたのか、腑に落ちない」というようなときに使う「腑（ふ）に落ちない」ですが、いったいどこに落ちないのでしょうか。

「腑に落ちない」は「納得がいかない」という意味の慣用句です。

落ちない場所として使われている「腑」は「内臓、はらわた」を示す言葉です。この「腑」は内臓全体を意味する「五臓六腑」（ごぞうろっぷ）などのかたちでも使われています。

なぜ、「内臓に落ちない」で「納得がいかない」になるのかですが、この「腑」は内臓から派生して、「外からは見えない内側にある物」というところから「心」という意味も持つようになったそうです。

このため、「心に落ちてこない」→「納得がいかない」という意味で使われているようです。

なお、納得がいくことを「腑に落ちる」とも言います。間違った日本語だという考えもあるようですが、辞書によっては掲載されているので、間違いとは言えないようです。