黒子
体にできる黒い点のことです。
日焼けしたりするとよくできますね。
メラノサイトという細胞が紫外線などの刺激から身を守るために活発化した際、過剰に働くことでできてしまうようです。
ほくろ（こくし）
元々は母糞（ははくそ。胎内で母親の糞が付いたもの）と言っていたようですが、いい言葉ではなかったからか、いくつかの変化の後に現在の読み方になったようです。
漢字の方は、読みに漢字の意味を合わせた熟字訓のようです。黒はもちろん色が黒いからで、子は粒子などに現れるように「小さいもの」という意味を持つので、黒くて小さいものという意味になります。なお、元の読みに合わせた「こくし」という読みもあります。
なお、これで歌舞伎などの裏方を指す「くろこ」とも読みますが、この読みは本来誤用で慣用的に使われているだけです。あの方々のことは「黒衣」と書いて「くろご」と読むのが正式です。