「そろそろ」「ゆっくり」という意味で使われることが多い「ぼちぼち」と「ぼつぼつ」は似ていますが、どう違うのでしょうか。

この2つの言葉は意味としては同じです。

本来は、共通語として「ぼつぼつ」があり、主に西日本（特に近畿）を中心とする方言として「ぼちぼち」があったようですが、最近は「ぼつぼつ」のほうが方言と誤解されるケースもあるようです。

これは、近畿地方の方言が共通語的に使われるようになった動きの一つの例ではないかと考えられます。「疲れた」という意味で使われる「しんどい」などと同じ流れです。

もっとも、方言としての「ぼちぼち」は、「そろそろ」や「点状のものが散らばっている」という意味の他に「ぼちぼちでんな」というよく聞くフレーズに出てくる「まあまあ」「どうにかこうにか」という意味合いなどに代表される辞書外の意味も、併せ持っているようです。